主人公・ルーン＝バロットは、マルドゥック市で生きる未成年娼婦（ティーン・ハロット）。
バロットは、“今”を自分の心の殻に閉じこもることでやりすごす術を身につけ、いつしかその卵の殻に閉じこもる日常を送るようになっていた。
ある日、行き場を失くしていた彼女は、一人の野心家でありカジノ経営者であるシェルに拾われる。
シェルはバロットに全てを与えた。偽りの生、偽りの過去、そして偽りの今、まさに人一人の人格をも書き換える全てを。
バロットは、今を与えてくれたシェルに感謝したかった。何故シェルが「私」に全てを与えたのかを知りたかった。確かめたかった。
そのために、バロットは与えられた経歴をコンピュータで照会した。その1回の過ちが、大きく人生を変えることとなる。
シェルはバロットの行為を知った後、彼女の乗った車を爆破したのだ。

死の淵を漂う間、バロットは意識の奥深くで問われていた。

「生きたいのか。死にたいのか。」
シェルの裏の顔を追っていたマルドゥック市(シティ)の事件担当官であるドクターとウフコックによって、
バロットは全身の皮膚を強化繊維で再構成させることによって一命を留めていた。
意識を取り戻したバロットに改めて二人は選択を迫る。
マルドゥック市が定める、人命保護を目的とした緊急法令、マルドゥック・スクランブル‐０９（オー・ナイン）により、
法的に使用が禁止されている科学技術の使用を特別に許可された特別な力を、生きるために受け入れるか否か。
「何故、殺されたのか」「何故、私なのか」相次ぐ疑問の渦の中、バロットの選ぶ道は――。